BIO-INFORMATIKA

Analisis Bioinformatika Berbasis WEB untuk Eksplorasi Enzim Kitosanase Berdasarkan Kemiripan Sekuens

BIOINFORMATIK adalah gabungan disiplin ilmu biologi, ilmu komputer, informatika, matematika, dan disiplin lain yang terkait yang menjadi disiplin tersendiri. Tujuan utamanya adalah mampu memberikan pandangan baru dalam mencapai prespektif global yang menunjang perkembangan bioteknologi di masa depan. Analisis dalam bioinformatika difokuskan pada tiga jenis dataset: urutan genom, struktur makromolekul dan percobaan genomik fungsional.

Kitosanase adalah sekelompok enzim yang mencerna kitosan. Menurut Enzyme Commission definisi kitosanase sendiri adalah enzim yang mampu melakukan endohidrolisis ikatan beta-1,4 antarresidu D-glukosamin menjadi kitosan terasetilasi sebagian . Enzim ini sangat penting untuk menjaga keseimbangan antara karbon dan nitrogen yang terjebak sebagai kitin terlarut dalam biomassa . Di bidang kesehatan, kitosanase dari jamur patogen telah terbukti menjadi faktor virulensi putatif, dan dapat memainkan peran penting dalam menginfeksi inang

Analisis kitosanase berbasis filogeni yang telah dikembangkan adalah menggunakan gen 16S rRNA dari data metagenomik yang menunjukkan bahwa salinitas merupakan penggerak utama untuk distribusi bakteri chitinolytic dan total komunitas bakteri dalam sistem perairan. Selain itu, gen chiA dari Aeromonas caviae yang mengkode kitosanase ekstraselular dengan panjang 865 asam amino telah diketahui menunjukkan tingkat tinggi kesamaan mirip dengan kitosanase A Serratia marcescen secara bioinformatik

Analisis dilakukan dengan melakukan BLAST untuk nukleotida menggunakan database Reference Genomic Sequence dan 16S Microbial dengan tidak mengikutsertakan sampel model dan lingkungan dalam database tersebut. Sekuen Gene Bank yang paling mirip; dicirikan dengan nilai Max Score dan Total Score sama, Query Coverage mendekati 100%, E-value mendekati 0, dan Max Ident mendekati 100%; pada setiap database kemudian diunduh dan dikonstruksi filogeninya dengan CLUSTALW2. Sekuen yang paling dekat dengan sampel merupakan sekuen yang kemiripanya paling tinggi.

Baca artikel lengkapnya disini